Wednesday, August 19, 2015

Compile MESSy 2.52 στο UI GRID

Βήμα 1: Αποσυμπιέζουμε την διανομή σε κάποιο φάκελο. Για production runs δουλεύουμε στον φάκελο lapmg Αυτομάτα δημιουργειται νεος φάκελος με το ονομα  messy_2.52
>$ cd /groups/lapmg/<username> (μονο για production runs)
>$ tar -xvf messy_2.52XXX.tar
>$ cd messy_2.52
>$ ls
οπότε θα δείς κάτι αντιστοιχο


Σημείωσεις:
 1) Σιγουρεψου ότι είσαι στον σώστο φάκελο  
 >$ pwd
/groups/lapmg/<username>/messy_2.52
 2) Μια συντόμη είσαγωγή για τους χρήστες του lapmg

 
Βήμα 2: Xρησιμοποιούμε το σωστό mh- file στον φακελο config, που θα ρυθμίσει το configuration
Στο UI του GRID μπορουμε να επίλέξουμε διαφορους compilers. Διαθέσιμοι (πληκτρολόγησε: module avail) είναι οι compilers INTEL, GFORTRAN και OPEN64. Το κατάλληλο mh-linux-64 αρχείο για τον ΙΝΤΕL compiler (messy2.52_mh-linux-64_intel) μπορουμε να το βρούμε στον φάκελο /groups/lapmg/models/misc. 

π.χ. (σε περίπτώση που χρήσιμοποιούμε τον INTEL compiler) Το αρχείο messy2.52_mh-linux-64_intel το αντιγραφουμε στο φακελο config με όνομα mh-linux-64
>$ cd config
>$ cp /groups/lapmg/models/misc/messy2.52_mh-linux-64_intel mh-linux-64
>$ cd ..

Με την εντόλή cd .. βρικόμαστε ξανά στον βασικό φάκελο messy_2.52. Τώρα θα πρέπει να αντιγραψουμε το σώστο αρχείο configure 
>$ cp /groups/lapmg/models/misc/messy2.52_configure configure


Σημείωσεις:
 1) O compiler της INTEL δεν είναι δωρεάν! Υπάρχει όμως φοιτιτική εκδόση που έχει ισχύ 1 έτους.


Βήμα 3: εκτέλούμε το configuration αφού πρώτα καθαρίσουμε την διανομή και φορτώσουμε 2 απαραίτητα modules
$> module load intel/14.0 (μόνο αν θέλω να χρήσιμοποιήσω τον INTEL compiler)
$> module load mpi/mpich3-intel-14-0-1-x86_64 (μονο για INTEL compiler)

$> make distclean
$> ./configure (αν θέλουμε atmosphere-only simulations) 
ή εναλλακτικά

$ > ./configure --enable-MPIOM (αν θέλουμε atmosphere-ocean simulations)
  
...



Σημείωσεις:
 1) Η διαδικασία διαρκεί μερικά λεπτά
 2) Αν δεν χρειάζομαι τη χημεία της ατμσόσφαιρας προσθέτω επιπλέον --disable-MESSY
 3) ./configure -h για να δώ όλες τις δυνατες επιλογές


Βήμα 4: Eκτελώ to make
$> make -j 4 
 
...

Σημείωσεις:
 1) Η διαδικασία διαρκεί αρκετα λεπτά (>30 min)
 2) Η επιλόγη -j 4 επιτανχύνει την διαδικασία make (μπορούμε να χρήσιμοποιήσουμε σκέτο make)
 3) Στη φάση αυτη έχουν δημηουργηθεί στον φάκελο bin τα εκτελέσιμα αρχεία echam5.exe και mpiom.exe (μόνο για --enable-MPIOM )

Βήμα 5: πρεπει να δημιουργήσουμε καποια επιπλέον έργαλεια. Τα νέα έργαλεία αποθηκεύονται στον φάκελο bin. Πριν δημιουργήσουμε τα αρχεια θα πρέπει να αλλαξουμε δυο αρχεια. Ετσι στον φάκελο messy_2.5.2 εκτελώ

$> cp /groups/lapmg/models/misc/messy2.52_kpp_Makefile.defs.Linux  messy/tools/kpp/Makefile.defs.Linux
$> cp /groups/lapmg/models/misc/messy2.52_kpp1_Makefile.defs.Linux messy/tools/kpp1/Makefile.defs.Linux
$> make tools

 

 και τελικά 

$> cd bin
$> ls


Βήμα 6: Πρέπει να δημιουργήσω/τροποποιήσω τον χημικό μηχανισμό που θα τρέχει το μοντέλο. Αυτο γίνεται με το script xconfig

$> ./xconfig (και μετα πληκτολογώ y)