Βήμα 1: Αποσυμπιέζουμε την διανομή σε κάποιο φάκελο. Για production runs δουλεύουμε στον φάκελο lapmg Αυτομάτα δημιουργειται νεος φάκελος με το ονομα messy_2.52
>$ cd /groups/lapmg/<username> (μονο για production runs)
>$ tar -xvf messy_2.52XXX.tar
>$ cd messy_2.52
>$ ls
οπότε θα δείς κάτι αντιστοιχο
Σημείωσεις:
1) Σιγουρεψου ότι είσαι στον σώστο φάκελο
>$ pwd
Βήμα 5: πρεπει να δημιουργήσουμε καποια επιπλέον έργαλεια. Τα νέα έργαλεία αποθηκεύονται στον φάκελο bin. Πριν δημιουργήσουμε τα αρχεια θα πρέπει να αλλαξουμε δυο αρχεια. Ετσι στον φάκελο messy_2.5.2 εκτελώ
$> cp /groups/lapmg/models/misc/messy2.52_kpp_Makefile.defs.Linux messy/tools/kpp/Makefile.defs.Linux
$> cp /groups/lapmg/models/misc/messy2.52_kpp1_Makefile.defs.Linux messy/tools/kpp1/Makefile.defs.Linux
$> make tools
και τελικά
$> cd bin
$> ls
Βήμα 6: Πρέπει να δημιουργήσω/τροποποιήσω τον χημικό μηχανισμό που θα τρέχει το μοντέλο. Αυτο γίνεται με το script xconfig
$> ./xconfig (και μετα πληκτολογώ y)
Μετά, στην αριθμημένη λίστα που δίνεται επιλέγω 9 που αντιστοιχεί στο m15001.bat
>$ cd /groups/lapmg/<username> (μονο για production runs)
>$ tar -xvf messy_2.52XXX.tar
>$ cd messy_2.52
>$ ls
οπότε θα δείς κάτι αντιστοιχο
Σημείωσεις:
1) Σιγουρεψου ότι είσαι στον σώστο φάκελο
>$ pwd
/groups/lapmg/<username>/messy_2.52
2) Μια συντόμη είσαγωγή για τους χρήστες του lapmg
Βήμα 2: Xρησιμοποιούμε το σωστό mh- file στον φακελο config, που θα ρυθμίσει το configuration
Στο UI του GRID μπορουμε να επίλέξουμε διαφορους compilers. Διαθέσιμοι (πληκτρολόγησε: module avail) είναι οι compilers INTEL, GFORTRAN και OPEN64. Το κατάλληλο mh-linux-64 αρχείο για τον ΙΝΤΕL compiler (messy2.52_mh-linux-64_intel) μπορουμε να το βρούμε στον φάκελο /groups/lapmg/models/misc.
π.χ. (σε περίπτώση που χρήσιμοποιούμε τον INTEL compiler) Το αρχείο messy2.52_mh-linux-64_intel το αντιγραφουμε στο φακελο config με όνομα mh-linux-64
>$ cd config
>$ cp /groups/lapmg/models/misc/messy2.52_mh-linux-64_intel mh-linux-64
>$ cd ..
Με την εντόλή cd .. βρικόμαστε ξανά στον βασικό φάκελο messy_2.52. Τώρα θα πρέπει να αντιγραψουμε το σώστο αρχείο configure
>$ cp /groups/lapmg/models/misc/messy2.52_configure configure
Σημείωσεις:
1) O compiler της INTEL δεν είναι δωρεάν! Υπάρχει όμως φοιτιτική εκδόση που έχει ισχύ 1 έτους.
Βήμα 3: εκτέλούμε το configuration αφού πρώτα καθαρίσουμε την διανομή και φορτώσουμε 2 απαραίτητα modules
$> module load intel/14.0 (μόνο αν θέλω να χρήσιμοποιήσω τον INTEL compiler)
$> module load mpi/mpich3-intel-14-0-1-x86_64 (μονο για INTEL compiler)
$> make distclean
$> ./configure (αν θέλουμε atmosphere-only simulations)
ή εναλλακτικά
$ > ./configure --enable-MPIOM (αν θέλουμε atmosphere-ocean simulations)
...
Σημείωσεις:
1) Η διαδικασία διαρκεί μερικά λεπτά
2) Μια συντόμη είσαγωγή για τους χρήστες του lapmg
Βήμα 2: Xρησιμοποιούμε το σωστό mh- file στον φακελο config, που θα ρυθμίσει το configuration
Στο UI του GRID μπορουμε να επίλέξουμε διαφορους compilers. Διαθέσιμοι (πληκτρολόγησε: module avail) είναι οι compilers INTEL, GFORTRAN και OPEN64. Το κατάλληλο mh-linux-64 αρχείο για τον ΙΝΤΕL compiler (messy2.52_mh-linux-64_intel) μπορουμε να το βρούμε στον φάκελο /groups/lapmg/models/misc.
π.χ. (σε περίπτώση που χρήσιμοποιούμε τον INTEL compiler) Το αρχείο messy2.52_mh-linux-64_intel το αντιγραφουμε στο φακελο config με όνομα mh-linux-64
>$ cd config
>$ cp /groups/lapmg/models/misc/messy2.52_mh-linux-64_intel mh-linux-64
>$ cd ..
Με την εντόλή cd .. βρικόμαστε ξανά στον βασικό φάκελο messy_2.52. Τώρα θα πρέπει να αντιγραψουμε το σώστο αρχείο configure
>$ cp /groups/lapmg/models/misc/messy2.52_configure configure
Σημείωσεις:
1) O compiler της INTEL δεν είναι δωρεάν! Υπάρχει όμως φοιτιτική εκδόση που έχει ισχύ 1 έτους.
Βήμα 3: εκτέλούμε το configuration αφού πρώτα καθαρίσουμε την διανομή και φορτώσουμε 2 απαραίτητα modules
$> module load intel/14.0 (μόνο αν θέλω να χρήσιμοποιήσω τον INTEL compiler)
$> module load mpi/mpich3-intel-14-0-1-x86_64 (μονο για INTEL compiler)
$> make distclean
$> ./configure (αν θέλουμε atmosphere-only simulations)
ή εναλλακτικά
$ > ./configure --enable-MPIOM (αν θέλουμε atmosphere-ocean simulations)
...
Σημείωσεις:
1) Η διαδικασία διαρκεί μερικά λεπτά
2) Αν δεν χρειάζομαι τη χημεία της ατμσόσφαιρας προσθέτω επιπλέον --disable-MESSY
3) ./configure -h για να δώ όλες τις δυνατες επιλογές
Βήμα 4: Eκτελώ to make
$> make -j 4
...
Σημείωσεις:
1) Η διαδικασία διαρκεί αρκετα λεπτά (>30 min)
Βήμα 4: Eκτελώ to make
$> make -j 4
...
Σημείωσεις:
1) Η διαδικασία διαρκεί αρκετα λεπτά (>30 min)
2) Η επιλόγη -j 4 επιτανχύνει την διαδικασία make (μπορούμε να χρήσιμοποιήσουμε σκέτο make)
3) Στη φάση αυτη έχουν δημηουργηθεί στον φάκελο bin τα εκτελέσιμα αρχεία echam5.exe και mpiom.exe (μόνο για --enable-MPIOM )
3) Στη φάση αυτη έχουν δημηουργηθεί στον φάκελο bin τα εκτελέσιμα αρχεία echam5.exe και mpiom.exe (μόνο για --enable-MPIOM )
Βήμα 5: πρεπει να δημιουργήσουμε καποια επιπλέον έργαλεια. Τα νέα έργαλεία αποθηκεύονται στον φάκελο bin. Πριν δημιουργήσουμε τα αρχεια θα πρέπει να αλλαξουμε δυο αρχεια. Ετσι στον φάκελο messy_2.5.2 εκτελώ
$> cp /groups/lapmg/models/misc/messy2.52_kpp_Makefile.defs.Linux messy/tools/kpp/Makefile.defs.Linux
$> cp /groups/lapmg/models/misc/messy2.52_kpp1_Makefile.defs.Linux messy/tools/kpp1/Makefile.defs.Linux
$> make tools
και τελικά
$> cd bin
$> ls
Βήμα 6: Πρέπει να δημιουργήσω/τροποποιήσω τον χημικό μηχανισμό που θα τρέχει το μοντέλο. Αυτο γίνεται με το script xconfig
$> ./xconfig (και μετα πληκτολογώ y)
Μετά, στην αριθμημένη λίστα που δίνεται επιλέγω 9 που αντιστοιχεί στο m15001.bat
